深圳海關分一線海關和二線海關。一線海關指申報之后直接可以出境的海關。而二線海關指申報之后必須再通過一線海關再報關才能出口的海關。

深圳海關共有七個一線海關： 大鵬海關、蛇口海關、機場海關、文錦渡海關、皇崗海關、沙頭角海關、深圳灣海關。其中蛇口海關又包括以下幾個碼頭；SCT （SHEKOU）、 赤灣（CHIWAN）、媽灣 （MAWAN ）、東角頭（進口碼頭）、大鏟灣暫時也歸蛇口海關。

一線海關當中又分為船運海關、空運海關和陸運海關。船運海關：大鵬海關和蛇口海關；空港海關：機場海關；中港拖車陸運海關：文錦渡海關、皇崗海關、沙頭角海關 、深圳灣海關。

二線海關如筍崗海關、福田保稅區海關等。鹽田的怡和倉、力又倉庫，保開倉庫，中天元物流倉庫，新興倉庫，中建投物流倉庫、嘉利倉、佐川倉、馬士基物流等倉庫直接向大鵬海關申報。湖北倉、梅園倉、金云達倉等海關監管倉庫向筍崗海關申報。

深圳海關報關作業時間

常用海關為大鵬海關、蛇口海關、文錦渡海關、皇崗海關、深圳灣海關、筍崗海關、機場海關，以七個個海關為主。

1.各口岸海關的報關作業時間

大鵬海關、蛇口海關、筍崗海關的作業時間為：周一到周五朝九晚五，周六、周日安排人值班。平常的工作時間約9：30才開始，下午4：30左右已經不接單了。周六周日更晚一些。鹽田和蛇口的貨柜可以24小時進出。筍崗倉的進出時間為上午8：00-到晚上5：00，收貨時間可以稍晚一些。

文錦渡海關的作業時間為：上午9：00-晚7：30，文錦渡的過境時間可以到晚上10：00。
皇崗海關的作業時間為： 上午9：30-晚9：00，皇崗的空車可以24小時過境。裝貨車也要在晚上10：00之前出關。

機場海關的作業時間為：周一到周五是上午9點到下午6點，一般是9:30到5:30的樣子，周六、周日上午9點到下午4:30，一般是9:30到下午4點。

2.各口岸通關時間。

大鵬海關、蛇口海關、筍崗海關及機場海關的通關時間約為半天，即正常情況之下半天可以報關出來，特殊情況下不應該超過一天。如遇查柜，另加一天。也就是說正常情況下，報關應預留兩天時間。另請注意：下雨天不查柜。文錦渡、皇崗口岸的通關時間約為1小時。

深圳海關周末可以清關